在“营改增”的过程中，纳入试点的企业由原来缴纳营业税改为缴纳增值税。由于增值税的管理和核算比营业税复杂，试点纳税人如果不全面了解增值税，很容易出现税务风险。
虚开增值税专用发票的骗税风险
面对“抵扣”税款的巨大诱惑，增值税专用发票的违法犯罪屡见不鲜。
“营改增”后，很有可能出现一些企业在新旧政策交替期间乘机钻空，希望通过获取更多增值税发票来抵扣，从而少纳税的情况，如出现虚开发票、代开发票、“买票”等利用发票套利的违法犯罪行为。
近期出台的《国家税务总局关于纳税人虚开增值税专用发票征补税款问题的公告》（国家税务总局公告2012年第33号）规定：纳税人虚开增值税专用发票，未就其虚开金额申报并缴纳增值税的，应按照其虚开金额补缴增值税；已就其虚开金额申报并缴纳增值税的，不再按照其虚开金额补缴增值税。税务机关对纳税人虚开增值税专用发票的行为，应按《税收征收管理办法》及《发票管理办法》的有关规定给予处罚。纳税人取得虚开的增值税专用发票，不得作为增值税合法有效的扣税凭证抵扣其进项税额。
同时，增值税专用发票还可能引发刑事风险，这更需要相关企业高度关注。涉及增值税专用发票的刑事犯罪多达10余种，常见的有虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪，伪造、出售伪造的增值税专用发票罪，非法出售增值税专用发票罪等。一旦触犯相关刑罚，可能招致严厉的刑事处罚，比如《刑法》中规定，犯虚开增值税专用发票罪的，虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处10年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处5万元以上50万元以下罚金或者没收财产。
虚增虚抵“进项税额”的逃税风险
在税收监管方面，增值税是可以抵扣的。税改以后，假发票、虚假抵扣难以管理，由于存在某些政策性缺陷，可能会出现企业虚开发票的问题。
例如，一般纳税人接收试点地区交通运输业小规模纳税人向税务机关代开的增值税专用发票，是按照发票上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算进行税额抵扣的。而小规模纳税人是按照简易征收率3%缴纳增值税，这与增值税税收制度设计相悖，存在增值税征收链条断裂的问题，这样会出现小规模交通企业虚开发票的问题。
上海试点“营改增”后，自2012年1月1日起，原增值税一般纳税人从试点地区一般纳税人取得的“货物运输业增值税专用发票”抵扣率为11%，从其他省市取得的货运票抵扣率为7%。因此，试点期间接受交通运输业服务的纳税人，要注意地点不同而造成的抵扣税额差异，纳税人也要留意货物运输业发票开具和不得抵扣政策，防范企业的税务风险。
增值税进项税额不得税前抵扣的情形有：一是对于那些年销售额低于500万元的小规模试点企业，增值税的征收率为3%，不得抵扣进项税额。二是购进的货物直接用于非应税、免税、集体福利和个人消费的，则没有进项税额。三是购进的货物已经作为了进项税额抵扣的，后来又改变用途，用于非应税、免税、集体福利和个人消费等，则作为进项税额转出。四是发生非正常损失的在产品、产成品，不能实现销售，不会产生销项税额，所以所耗用的购进货物已作为进项税额抵扣的增值税必须作为进项税额转出。五是纳税人提供应税服务，开具增值税专用发票后，提供应税服务中止、折让、开票有误等情形，应当按照国家税务总局的规定开具红字增值税专用发票。未按照规定开具红字增值税专用发票的，不得扣减销项税额或者销售额。
上海试点方案特别强调，纳税人取得的增值税扣税凭证不符合法律法规的，进项税额不准从销项税额抵扣，纳税人资料不全的，进项税额也不得从销项税额中抵扣。
隐瞒销售收入的偷税风险
出于追求盈利的本性，一些企业往往会采取减计或少计收入的手段，来达到逃避缴纳税收的目的。
在实际工作中，“营改增”试点企业纳税人未缴或少缴税款有许多原因。税务机关会根据不同的情况，在纳税人未构成犯罪的情况下，对纳税人进行补税、加收滞纳金和罚款。
根据《税收征收管理法》的规定，企业不计或少计收入的隐瞒销售收入行为，造成不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。企业采取不计或少计收入的手段，会造成不缴或少缴增值税或营业税、城市维护建设税、教育费附加、企业所得税的结果。对于偷税行为，如果没有构成偷税罪，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处以罚款。另外，不允许企业抵顶进项税额，也是对隐瞒销售收入偷漏税的一种惩罚。
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